Ao realizar algumas atualizações da NF 1.4 para 2.0 deparei com este erro, apos muitas tentativas e horas no telefone com o suporte da certisign consequimos reseolver o problema.
Descrição do problema: O certificado mesmo que seja A3 tipo cartao ele deve aparecer no repositorio do windows (internet explorer \ ferramentas \ opcoes da internet \ conteudo \ certificados \ pessoal), partindo do pre suposto que o cartao esta devidamente conectado... O mesmo acontece com a configuração da NF 2.0 ao clicar em adicionar via busca automatica, informar a senha o mesmo não consegue encontra-lo.
Solução:
1ª. Ferificar se esta instalados na maquina os seguintes aplicativos,Capicom(Microsoft Capicom),
Microsoft .NET Framework* - v3.5, caso nao ocorra faça o download e reinicie a maquina.
2ª. Faça o teste novamente. Caso nao funcione (No meu caso não funcionou...), desinstale o programa SAFESIGN ( painel de programas \ adicionar e remover programas \ safesign \ remover), faça o download da versão mais nova aqui. reinicie o PC.Bom no meu caso isso funcionou...